Los humanos pueden haber avanzado hasta un punto en el que los guardianes ya no pueden permanecer ocultos y manejar "la manada" desde las sombras. Tal vez los humanos normales están aumentando su dominio de la magia de la clarividencia o la profecía, haciendo que los secretos sean cosa del pasado.

Si los guardianes saben que todavía no hemos evolucionado moralmente para manejarnos a nosotros mismos y, sin embargo, también saben que ya no pueden manejarnos, pueden elegir acabar con nosotros en lugar de soltar nuestra maldad sobre el mundo.

Como dices, son moralmente fuertes.

Ven que la humanidad se corrompe cada vez más a medida que pasa el tiempo y se ven cada vez menos hombres justos con el tiempo. Un día ven algo que los vuelve locos (es decir, un niño que mata a otro por haberse negado a darle un caramelo) y deciden que la humanidad ya no puede salvarse. La única solución es sacarlos y empezar de nuevo.

Así comienza...

Se forma una sociedad en la que la civilización depende de sus líderes; sin la amenaza de la ley, la mayoría de la gente engañará y robará, por lo que no tiene sentido que nadie cultive alimentos (ya que de todos modos serán robados). La población ha crecido hasta el punto en que la caza y la recolección ya no son sostenibles; así que si las granjas desaparecen, la sociedad se disolverá en el caos.

Pero la posición de liderazgo, que es necesaria para la supervivencia de la sociedad, tiende a atraer a los corruptos y corromper a quienes la toman. Si el líder actual muere, uno aún más despiadado subirá a la cima. Ahora los Guardianes tienen que elegir entre dejar vivir a los líderes corruptos o matar a todos los líderes, uno tras otro, y ver cómo la civilización se desmorona...

Extinción masiva de otras especies

Especialmente donde esas especies se acercan a algo parecido a la conciencia.

Podría usar la Extinción del Holoceno actual, en curso, como modelo.

Cada moralidad tiene sus preceptos, si las especies guardianas tienen un precepto que dicta que toda vida es valiosa, pueden tener un umbral en el que sea necesario erradicar una especie para salvar a muchas otras.

Moralmente, los humanos tienen una culpabilidad que surge cuando les queda explícitamente claro que está ocurriendo una extinción evitable, pero el curso no se altera.

Un parámetro variable en esto sería hasta qué punto los guardianes tienen una jerarquía antropocéntrica/orientada a la sapiencia del valor de la vida en la tierra, como la tienen la mayoría de los humanos. Nuestro valor nos sitúa en la cima, lo que es zoológicamente típico hasta donde yo sé. Sin embargo, no hay ninguna regla que diga que tu especie guardiana haría lo mismo.

¿Quizás ahora nos están protegiendo y la vaquita es su animal favorito?

pd: tu pregunta me recordó a Doomlord , un cómic para niños que hizo algo similar, que recuerdo con cariño.

Si no le importa si el trasfondo de los guardianes se tuerce, entonces otra premisa que podría considerar es que los guardianes usan a los humanos como una herramienta (involuntaria) para construir todo tipo de estructuras e inventar nueva tecnología.

Los seres humanos que actúan destructivamente deberían ser eliminados (mediante el asesinato) del medio ambiente, simplemente porque potencialmente ralentizan el progreso.

El asesinato en masa ocurre cuando los guardianes deciden que quieren reclamar los recursos que la humanidad ha creado 'para los guardianes'. Podrían despejar un continente entero para usarlo con un propósito propio (¿un proyecto favorito?). Si el resto de la humanidad se convierte en un problema que ya no vale la pena, es posible que incluso quieran recurrir al genocidio.

La humanidad ha descubierto la cura .

¿La cura de qué, dices? Por qué, la cura para todo lo conocido, por supuesto. La muerte ya no es parte de la vida humana y ya no hay un "ciclo de vida". Los guardianes ven que los humanos han avanzado demasiado y saben que serán una plaga incontrolable en el universo o, peor aún, se exterminarán a sí mismos y a toda la vida en la Tierra.

Así que deciden tomar medidas. Hacen un virus modificado genéticamente (si pueden) o lo hacen de una manera fantástica/mágica y lo liberan en el aire. Toda la humanidad se enferma en cuestión de días y mueren. De esta manera, también puede mantener con vida a las personas que son importantes para la historia al darles inmunidad al virus.

También se podría decir que, dado que los humanos ya no mueren, los guardianes se volvieron locos sin nada que hacer a su alrededor. Tal vez los guardianes dependían del "último aliento de un humano" para seguir viviendo, por lo que tenían que hacer algo para reiniciar la humanidad, pero no necesariamente eliminarlos.

Alternativamente, cualquier modificación que realice sobre estos motivos o métodos, o una combinación de ellos, también es aplicable.

Los Guardianes habían PERDIDO algo que ya estaba demasiado arraigado para controlarlo con extirpaciones quirúrgicas.
Su comprensión de nuestra naturaleza no es mejor que la nuestra, solo recientemente la han identificado como un fenómeno para estar atento, y solo ahora se dan cuenta de que es demasiado tarde para controlarlo. Como una enfermedad asintomática que presenta un peligro que no pueden permitir. O una cualidad psicológica.

Sus actividades de "poda" son, por supuesto, limitadas: la vida es valiosa, los "accidentes" masivos son inverosímiles, y los Guardianes a menudo dan el beneficio de la duda: después de todo, los humanos son débiles, fáciles de manipular y muy rara vez su entorno se va la oportunidad de tener creencias morales fuertes y adecuadamente desarrolladas.
Sin embargo, cuando tales creencias SÍ existen, es una abominación a los ojos de los Guardianes que un sujeto las deje de lado sin razón aparente.
Y luego viene Stanley Milgram y muestra que el 65% de las personas torturarán a un hombre hasta la muerte solo porque se lo piden repetidamente con voz tranquila.

No, esto no puede ser.
¡Cómo pueden! ¿¡Cómo pudimos NOSOTROS haberlo perdido!?
Podemos salvar esto. Trabajaremos más y superaremos la...
...la dificultad INsuperable de desarrollar y difundir una DESVENTAJA evolutiva, ¿con qué? ¿Una nota de muerte?
Saca las copias de seguridad.