Medición del período PIC a veces 1 conteo de desbordamiento incorrecto

Información breve: estoy usando un PIC18F4580 para medir el período de tiempo de dos pulsos positivos usando el CCP 1 en la MCU. Y luego escribir el resultado en una pantalla LCD. Cuando pruebo, a veces obtengo un resultado que es un conteo de desbordamiento incorrecto (32,768ms incorrecto => 65536 timer1 ticks wong => 1 conteo de desbordamiento).

Detalles: La precisión debe ser mínimo 1us. Estoy codificando en C y usando el compilador xc8. Se utiliza un cristal de 8 MHz para ejecutar el PIC, por lo que Fosc/4 = 2 MHz. El temporizador 1 se ejecuta sin preescalador para obtener una precisión del temporizador de 0,5 us. Timer2 se utiliza para sondear el estado del botón pulsador, cada 10 ms. El código está bien documentado y espero que sea fácil de seguir.

La forma en que estamos probando es con un generador de onda cuadrada con frecuencias entre 10 Hz y 400 Hz.

Primero tuve los guardados en t1 y t2 en el bucle principal, pero eso no funcionó bien en frecuencias más altas.

He intentado verificar el indicador de desbordamiento del temporizador 1 en la rutina de interrupción de CCP1 para no perderme un desbordamiento al guardar la "marca de tiempo".

¿Alguna idea sobre qué está creando este error?

Código a continuación, bits de configuración e incluye omitido

/********************* Variables *********************/
unsigned long t1 = 0;
unsigned long t1Count = 0;
unsigned long t2 = 0;
unsigned long t2Count = 0;
volatile unsigned long timeBuff = 0;
float elapsedTime = 0;
volatile unsigned long overflowCountTMR1 = 0;
volatile unsigned long overflowCountBuff = 0;

volatile int pulseCount = 0;
volatile int btnCount = 0;

char ms[20];

/********************* Function declarations *********************/

void interrupts();
void noInterrupts();
void resetValues();

/********************* Main function *********************/
void main() {

TRISBbits.RB5 = 1;                    // Input push button

// Set up CCP module, capture rising
TRISCbits.RC2 = 1;                   // Set RC2/CPP1 pin as input
PORTC = 0x00;                        // Set all pins to low
CCP1CON = 0x05;                      // Capture rising edge
PIR1bits.CCP1IF = 0;                 // Reset interrupt flag

// Set-up timer1 for counting periodtime
T1CON = 0x00;                        // Disable Timer1 under set-up
T3CON = 0x00;                        // Set Timer1 as capture source for CCP1 
PIR1bits.TMR1IF = 0;                 // Reset interrupt flag
T1CON = 0x81;                        // Start Timer1 with 16-bits read/write 

// Set-up timer2 for polling push button state
T2CON = 0x00;                        // Disable Timer1 under set-up
PIR1bits.TMR2IF = 0;                 // Reset interrupt flag
PR2 = 125;
T2CON = 0x4F;                        // Prescaler: 16 Postscaler: 10 => Interrupt every 10ms (WHEN PR2 = 125)

// Set up LCD
CMCONbits.CM = 0x07;                // Disable comperators at RB2 & RB3
TRISD = 0x00;                       // Set up D ports as output
Lcd_Init();
Lcd_Clear();
Lcd_Set_Cursor(1,1);

interrupts();                       // Enable interrupts

while(1)
{
    if(btnCount == 10){
        noInterrupts();
        resetValues();
        Lcd_Clear();
        interrupts();
    }


    // Calculate period from timestamps
    if (pulseCount == 2){              // We got 2 pulses, calculate elapsed time

        noInterrupts();
        // T2-T1 don't forget the overflow count variable
        elapsedTime = ( (t2 - t1) + ((t2Count-t1Count)*65536) )/2.0;   // In us (microseconds)
        pulseCount++;                 // Increment so we wont calculate again

        // Write results to LCD in ms
        sprintf(ms,"%4.3f",(elapsedTime/1000.0));
        Lcd_Set_Cursor(1,1);
        Lcd_Write_String(ms);
        interrupts();
    }

  }  
}

/*********************  Interrupt functions *********************/
// Handles interrupts. Timer interrupt to keep track of nr of overflows.
// Check if we got a pulse, save value if we did 
void interrupt ISR_handeler(){
    if(PIR1bits.CCP1IF == 1){
        timeBuff = CCPR1;
        int saveFlag = PIR1bits.TMR1IF;
        if(saveFlag == TRUE){
            timeBuff = CCPR1;
            overflowCountTMR1++;
            PIR1bits.TMR1IF == 0;
        }
        pulseCount++;
        if(pulseCount == 1){
            t1 = timeBuff;
            t1Count = overflowCountTMR1;
        } else if (pulseCount == 2){
            t2 = timeBuff;
            t2Count = overflowCountTMR1;
            PIE1bits.TMR1IE = 0;                // We only want to calculate between two pulses
        }
        PIR1bits.CCP1IF = 0;
    }

    if(PIR1bits.TMR1IF == 1){                  //Count number of Timer1 overflows
        overflowCountTMR1++;
        PIR1bits.TMR1IF = 0;
    }

    if(PIR1bits.TMR2IF == 1){
        if(PORTBbits.RB5 == 0){
            btnCount++;
        }
        PIR1bits.TMR2IF = 0;
    }

}

/********************* Functions *********************/

void noInterrupts(){
// Disable global and peripheral interrupts
INTCONbits.GIE = 0;
INTCONbits.PEIE = 0;
PIE1bits.CCP1IE = 0;                // Disable CPP1 interrupt
PIE1bits.TMR1IE = 0;                // Disable Timer1 Overflow interrupt
PIE1bits.TMR2IE = 0;                // Disable Timer2 Overflow interrupt
}

void interrupts(){
// Enable global and peripheral interrupts
INTCONbits.GIE = 1;
INTCONbits.PEIE = 1;
PIE1bits.CCP1IE = 1;                // Enable CPP1 interrupt
PIE1bits.TMR1IE = 1;                // Enable Timer1 Overflow interrupt
PIE1bits.TMR2IE = 1;                // Enable Timer2 Overflow interrupt
}

void resetValues() {
pulseCount = 0;
overflowCountTMR1 = 0;
btnCount = 0;
}

EDITAR: pregunta añadida.