Una imagen vale mas que mil palabras.
Tengo un acceso directo (no estoy seguro de cuál es la palabra oficial para esto) a mi carpeta de Aplicaciones en mi Dock.
Al abrirlo, veo varias copias del icono "Xcode.app".
Si "abro en el buscador", solo veo uno. Si abro el Launchpad, también solo veo uno.
No se preocupe por la carpeta llamada "Xcode 5", la agregué ayer, mientras que este error de íconos múltiples ha estado allí durante más de un mes ...
Ejecutando OSX 10.10.1
ACTUALIZACIÓN: el nombre oficial de esos atajos es "Pilas" ( http://support.apple.com/en-il/HT201955 )
Este problema puede estar relacionado con el archivo de configuración de preferencias.
Elimine la pila y vuelva a crearla, debería funcionar.
Haga clic derecho en Aplicaciones en el Dock, elimínelo del Dock y luego agréguelo nuevamente.
Ejecute la utilidad gratuita Onyx ( http://www.titanium.free.fr/onyx.html ), pestaña Automatización, verifique todas las operaciones. Esto solucionará los íconos adicionales (y muchas otras inconsistencias también) después de reiniciar :)
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Antón Chikin