Sugeriría HeidiSQL para esto, lo he usado en algunos proyectos que involucran MySQL y funciona muy bien:
- Editor de código SQL incorporado y navegador gráfico para casi todos los objetos en el servidor.
- No estoy completamente seguro acerca de MySQL 4X (no lo usé desde hace mucho tiempo y no tengo un servidor útil para probar), lo más probable es que la última versión pueda usarlo, pero incluso entonces, la versión anterior funcionará con seguridad.
- También es compatible con MSSQL (hasta cierto punto) y está desarrollando soporte experimental para PostgreSQL, dentro del mismo entorno.
- Puede conectarse a través de TCP/IP, canalizaciones con nombre o túneles SSH (requiere plink.exe de Putty para esto).
- Todavía activamente desarrollado.
- Fuente abierta.
![Conexión de túnel SSH](https://www.heidisql.com/images/screenshots/ssh_tunnel.png)