Hacer que Homebrew y R.app convivan felices

Acabo de actualizar a Mavericks (10.9.2) y después de años de usar MacPorts , decidí usar Homebrew . Instalé con éxito Homebrew, pero brew doctor muestra:

brew doctor
Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected dylibs:
    /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib
    /usr/local/lib/libtk8.6.dylib

Warning: Unbrewed .pc files were found in /usr/local/lib/pkgconfig.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected .pc files:
    /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc
    /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc

Warning: Unbrewed static libraries were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected static libraries:
   /usr/local/lib/libtclstub8.6.a
   /usr/local/lib/libtkstub8.6.a

Todo esto proviene de R.app, del sitio web específico de OSX . Ahora, prefiero usar la R.app estándar en lugar de la versión Homebrew (por varias razones personales). ¿Puedo ignorar con seguridad estas advertencias o habrá un problema?

Sí, Homebrew podría usar las bibliotecas de R en lugar de las que brew sabe que funcionan. Esto podría estar bien, pero Homebrew no lo sabe. Este uso de /usr/local es una de las razones por las que uso macports en lugar de Homebrew.
En general, tener una advertencia como esa se debe a que mezclar bibliotecas puede causar problemas muy difíciles de depurar al vincular programas. ¿Cuál es su definición de seguro? ¿Confías en R u otras herramientas caseras para trabajar o son algo que te importa atender y no te importa rastrear por qué suceden cosas extrañas o surgen errores de compilación no excitados?
@bmike para mí seguro significa 'no suceden cosas al azar'. Planeo usar Homebrew para obtener cosas como gcc, gsl python 3 y ffmpeg. Aparte de python 3, dudo que cualquier otro programa que pueda instalar a través de Homebrew use bibliotecas TCL o TK (y a python 3 tampoco le importe).
Tira los dados, aprovecha tus oportunidades. Con tk y tcl, tiene bibliotecas muy comunes que probablemente serán utilizadas en algún momento por otro paquete que elija instalar. Ignorar la advertencia significa que es posible que la herramienta no detecte una colisión en el control de versiones por usted.
Este uso de/usr/local es la razón por la que macports y fink usan otro directorio: por experiencia, el uso de /usr/local podría funcionar y, en ocasiones extrañas, fallará y es difícil de depurar, pero fallará
@user1256923: ¿Alguna resolución para esto? He estado teniendo el mismo problema...
Sí, simplemente no instalo tcl/tk desde R (no los necesito). Si descarga R dmg desde CRAN y ejecuta el instalador, puede personalizar qué paquetes están realmente instalados.

Respuestas (1)

Puedes instalar R con hombrew para evitar conflictos.

brew tap homebrew/science
brew install gfortran r
Muchos colegas hacen eso, pero yo soy viejo y estoy en mis viejas costumbres...
Hacer que Homebrew y R.app convivan felices
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