¿Dónde está el corazón de Will Turner al final?

Lo tiene de nuevo dentro de él.

Turner fue maldecido por no tener corazón y ser el Capitán del Flying Dutchman.

Del wiki de William Turner Jr. (parafraseado):

Jack usó la mano de Will inconsciente para empalar el corazón de Jones con su espada rota. Este acto no solo derrotó a Jones, sino que le dio a Will la vida eterna al convertirlo en el nuevo capitán del Flying Dutchman. El padre de Will cortó el corazón de su hijo y lo colocó en el Cofre del Hombre Muerto.

[...]

Años más tarde, Henry logró destruir el Tridente, acabando así con todas las maldiciones en el mar y liberando a Will de la maldición del holandés. Volviendo a tierra firme una vez más, Will se reunió con Henry, quien le devolvió su collar.

Una vez que se rompió el tridente, se rompió la maldición. Él

• fue capaz de volver a tierra
• perdió los percebes y elementos marinos que cubrían su cuerpo
• tiene su corazón latiendo dentro de él (de lo contrario, simplemente moriría)
• ya no comanda el Holandés Errante
• ya no sobrevive bajo el agua

A pesar de que esto no se muestra directamente en la película, parece una interpretación razonable. Ahora es solo un hombre normal y no tiene un cofre hueco (ya que ya no está maldito).