¿Cuál es la disposición típica de los genes amplificados en el genoma de las arqueas?

Tengo que comprobar si algunos genes se amplifican con herramientas bioinformáticas, pero, para hacerlo, necesito saber qué significa esto desde el punto de vista biológico.

No parece tan difícil de entender, de hecho la definición de NIH es simplemente la siguiente:

La amplificación de genes es un aumento en el número de copias de una secuencia de genes. Las células cancerosas a veces producen múltiples copias de genes en respuesta a las señales de otras células o de su entorno. El término también puede referirse a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), una técnica de laboratorio que utilizan los científicos para amplificar secuencias de genes en un tubo de ensayo.

Entonces mi pregunta es: si tengo la secuencia de ADN completa del genoma del organismo que estoy estudiando (como este ), que pertenece al dominio Archaea, lo que debo hacer para verificar la amplificación del gen es ver si la secuencia del gen ( que sospecho que está amplificado) se repite más veces?

Os doy las gracias de antemano.

¿Podría aclarar algunos puntos para producir una pregunta centrada en la biología en lugar de la bioinformática? (Por supuesto, una pregunta sobre la bioinformática es aceptable, pero una a la vez es cómo funciona este sitio. Las dos son preguntas separadas). Cuando dices "cómo está presente la amplificación de genes en el genoma", ¿qué quieres decir? ¿Quiere decir cómo ocurre mecánicamente o qué función puede cumplir? Y sería bueno decir si estás interesado en procariotas (como parece) o eucariotas, porque las situaciones son bastante diferentes en los dos casos.
@David ok, lo corregiré, pero con "cómo está presente la amplificación de genes en el genoma" me refiero a cómo es la secuencia de ADN del genoma después de la amplificación de genes ... así que no estoy interesado en cómo ocurre mecánicamente o qué función puede cumplir (a menos que sea necesario para entender lo que quiero saber) ... entonces, en la secuencia que vinculé, ¿debería simplemente encontrar la secuencia de un gen más veces si se ha amplificado?
Aprecio los problemas de uso lingüístico con la palabra inglesa “how” para los hablantes no nativos (francés, alemán e italiano, en lugar del español, que supongo que no es muy diferente). El uso que empleó parece lógico (= "¿cómo se organizan/disponen los genes amplificados en el genoma?"), Pero nunca se emplea. Quizás escribiría algo como "¿Cuál es la disposición típica de los genes amplificados en las bacterias, especialmente aquellas características que uno podría considerar indicativas (o firmas) de amplificación?". No es mi área particular ni te respondería.
Muchas gracias @David por las sugerencias.

Respuestas (1)

Usted pregunta "entonces, en la secuencia que vinculé, ¿debería simplemente encontrar la secuencia de un gen más veces si se ha amplificado?"

Sí. Hay muchas formas, tanto naturales como artificiales, de terminar con más copias de un determinado gen o genes sin un aumento proporcional en las copias de los otros genes en la célula. Por lo tanto, no existe una disposición generalmente esperada de los genes amplificados.

Un aspecto a considerar es el criterio para determinar si dos genes dados son copias del mismo gen o son dos genes distintos.

Gracias por tu respuesta pero no entiendo cuando dices Un aspecto a tener en cuenta es el criterio para determinar si dos genes dados son copias del mismo gen o son dos genes distintos , porque, si tienen la misma secuencia, deberían ser sin duda el mismo, ¿verdad?
Agregué una nueva publicación enfocada solo en la segunda pregunta, así que si quieres echar un vistazo aquí biology.stackexchange.com/questions/101133/… puedes entender mejor lo que quise decir. Perdón por estos saltos :)
@Manuela Re: "si tienen la misma secuencia, ciertamente deberían ser iguales, ¿verdad?" Correcto, pero muchos (quizás la mayoría) de los procesos que producen la amplificación de genes darán como resultado mutaciones en una o más copias, ya sea inmediatamente o con el tiempo. Por ejemplo, un segmento duplicado de un cromosoma puede tener inicialmente los mismos genes, pero en ausencia de una fuerte selección, divergirán con el tiempo. Tal vez las copias sigan funcionando igual, tal vez no.
Gracias ! Las cosas son mucho más complicadas de lo que pensaba. ¿Existe algún criterio para establecer si son copias del mismo gen, como mencionaste en la respuesta? Y, además, ¿puede sugerir algún libro o material que explique con más detalles lo que me dijo en la respuesta (sobre el hecho de que deberíamos ver en la secuencia del genoma diferentes copias del gen duplicado)?
@Manuela Mi perspectiva es la duplicación de genes en mamíferos a lo largo del tiempo evolutivo, por lo que daría un ejemplo de algo como "Evolución de los genes de los receptores olfativos en el genoma humano" doi: 10.1073/pnas.1635157100 y el trabajo de seguimiento. Su perspectiva parece estar mucho más orientada a corto plazo (¡y no eucariota!), así que algo así como "Amplificación de genes bacterianos: implicaciones para la evolución de la resistencia a los antibióticos" Nat Rev Microbiol. 2009 agosto; 7 (8): 578-88. doi: 10.1038/nrmicro2174 podría ser más de su interés.
¿Cuál es la disposición típica de los genes amplificados en el genoma de las arqueas?
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