Copia de seguridad de un sistema operativo a través de ssh?

Eche un vistazo a los programas ddrescuey partimage. Ambos

• se ejecuta en la línea de comando y, por lo tanto, se puede usar a través de SSH
• están disponibles en los repositorios de la mayoría de las distribuciones de Linux
• son FOSS
• también están disponibles en SystemRescueCd (un Live CD); no es importante para su caso aquí, pero es bueno saberlo para otros casos

partimageincluso puede almacenar los archivos de copia de seguridad en una máquina diferente a través de la red directamente, si es necesario.

Eso fue para una copia de seguridad completa (nunca está de más tenerlo). Si también desea poder elegir fácilmente archivos específicos. rsynces tu amigo. Una vez más, esto está disponible con todas las distribuciones. Y "animado" con los ayudantes adecuados, sirve bien para su propósito:

• rsync-push-backup se puede configurar para los directorios que le interesan y luego ejecuta "instantáneas" diarias, solo respaldando lo que ha cambiado. Para todo lo demás, las "instantáneas por hora" tienen enlaces físicos, por lo que puede elegir fácilmente su archivo para restaurar con un simple administrador de archivos o scpcomando, sin gastar demasiado espacio en el disco.
• etckeeper usa un enfoque similar para sus archivos de configuración (en /etc). En lugar de instantáneas por hora, solo realiza una copia de seguridad cada vez que se modifica un archivo. Pero como sugiere el nombre, este es específico para su /etcdirectorio. Sin embargo, lo menciono porque nombraste "error de configuración" como algo contra lo que querías protegerte :)