¿Consejos sobre el esquema de control de vehículos operados a distancia (ROV)?

Por favor, avíseme si esta pregunta no es lo suficientemente específica, estaré encantado de aclararla. Estoy buscando varias opciones para un esquema de control para mi robot submarino. Estoy en la escuela y es mi trabajo diseñar los sistemas de control que el robot utiliza motores de bomba de achique de 12V para la propulsión. En el pasado, había usado algunos tableros de relés que había diseñado otro miembro del equipo. Pero hace mucho que se fue y, para ser honesto, los tableros estaban mal diseñados y tuvimos una gran cantidad de problemas para usarlos. Así que este año, me gustaría usar un microcontrolador o un dispositivo similar para controlar un conjunto de relés (o equivalente) para alimentar los motores de 12 V. Esto hará que sea mucho más fácil cambiar la dirección y el comportamiento de los motores sin tener que modificar físicamente el hardware.

Sin embargo, solo quiero hacer esto si es práctico. Actualmente, esto es con lo que estoy jugando. Tengo un Beaglebone Black conectado a una placa de relé de 16 canales Sainsmart. Al principio, esto parecía una buena manera de hacer las cosas, hay buenas bibliotecas GPIO para BBB disponibles y tengo experiencia programando scripts de shell y Python si deseo usar esa biblioteca GPIO. Sin embargo, después de hacer algunas pruebas, estoy empezando a cuestionar la idea por varias razones. Los pines BBB GPIO (algunos de ellos al menos) parecen flotar alto en el arranque, por lo que en mi script necesitaría configurar todos los pines bajos al arrancar. Luego tengo el problema de tomar la entrada de cualquier controlador que estemos usando, hemos usado algunos joysticks genéricos durante los últimos años y estos han funcionado bien, pero no tengo ni idea de cómo analizar la entrada de estos,

TL;DR Joystick/Other Input --> beaglebone --> Relay Driver --> Relay --> Motor parece demasiado complicado y deja margen para el error, dejándome con los mismos problemas que me propuse resolver. Básicamente, mi pregunta es: ¿Alguien tiene alguna idea constructiva o consejo sobre cómo implementar una solución basada en software para controlar motores de bombas de achique de 12 V y aceptar entradas de algunos joysticks genéricos (u otro dispositivo de entrada si es necesario?) Elegí el BBB porque tiene diversos salidas a su disposición. Estoy bien con cambiar a otro microcontrolador o dispositivo de entrada si simplificará el diseño de control. ¡Gracias por tu ayuda!