¿Cómo se deshabilitan las aplicaciones del sistema en Android 4.xx (y versiones posteriores)?

Puede deshabilitar solo las aplicaciones del sistema desde Android 4.0 en adelante.

Consulta aquí la guía con vídeo.

Básicamente tienes que:

1. Ve al menú de configuración principal de tu teléfono.
2. Ve a la opción “Apps” o “Aplicaciones”.
3. Vaya a la pestaña "Todas" en su lista de aplicaciones.
4. Encuentra la aplicación que deseas deshabilitar y tócala.
5. Pulse el botón de desactivación junto al botón de parada forzada.
6. Si el botón de desactivación no está visible, primero debe presionar "desinstalar actualizaciones". Luego vuelve al paso 5

Para habilitarlo de nuevo:

Una vez que haya desactivado la aplicación, se ocultará de su teléfono como si nunca hubiera estado allí. La buena noticia es que si alguna vez desea recuperarlo, todo lo que tiene que hacer es el mismo proceso pero "habilitarlo" en su lugar. Solo para informarle, las aplicaciones deshabilitadas aparecen en la parte inferior de la lista de aplicaciones (no en orden alfabético) si alguna vez desea volver a habilitarlas.

Actualizar:

Para deshabilitar las aplicaciones instaladas por el usuario, uso este increíble software llamado Titanium backup pro (necesita root). La congelación de la aplicación, es decir, la desactivación de la aplicación, es solo una de sus muchas funciones.

Para congelar una aplicación:

1. Abrir copia de seguridad de titanio profesional
2. Vaya a la pestaña Copia de seguridad y restauración
3. Encuentra tu aplicación y haz clic en ella
4. Elija congelar en el menú
5. Para restaurar, haga clic en descongelar en lugar de congelar

Nota: la aplicación de congelación aún consume espacio.

Yo personalmente uso esto para congelar aplicaciones pesadas como Skype. La configuración de la aplicación, como el nombre de usuario y la contraseña, no se pierde de esta manera.