¿Cómo pudo el Dios Emperador de la Humanidad vivir entre la Humanidad antes de la Gran Cruzada?

Además de la gran respuesta de @Paul (que no hay pruebas de que Emperor fuera tan alto como Astartes), hay otro punto a considerar:

El Emperador de la Humanidad es (probablemente) el psíquico más poderoso que jamás haya existido (aunque los eldars que tuvieron contacto personal con él, llamaron a su poder "crudo"). Esto significa que puede alterar la forma en que los demás lo perciben. Entonces, si él no quiere ser notado, entonces la gente no lo notará.

No pude encontrar ninguna fuente que respalde su afirmación de que el Emperador era más grande que un humano normal, y toda la tradición dice que pasó sus días mortales viviendo en secreto entre personas normales (no tengo copias digitales del libros de tradición, pero el Lexicanum , mientras que un wiki es bastante fiel a la tradición.

Podemos inferir de esas afirmaciones canónicas y la falta de afirmaciones contrarias que simplemente no estaba fuera del rango de tamaño humano normal. La navaja de Occam y todo eso.

En cuanto a por qué los Astartes tomaban de sus genes pero eran enormes, recuerda que no eran precisamente clones. Hubo un proceso por el cual el emperador los creó, pero involucró más que solo una jeringa llena de Emperor Juice (tm), agregaron órganos, reconstruyeron la musculatura, etc.

Nuevamente del Lexicanum:

los Primarcas fueron creados por el Emperador con la ayuda de ciencias prohibidas y conocimientos arcanos derivados de la Disformidad

Entonces, en el mejor de los casos, eran seres genéticamente modificados que tenían aspectos de su composición influenciados por el Emperador, al igual que usted no es un clon perfecto de sus padres y puede ser significativamente más grande o más pequeño que ellos, especialmente una vez que los factores ambientales entran en juego. Podría decirse que en realidad podría haber mucho menos del código genético real del Emperador en comparación con el de tus padres en los primarcas y aún se podría afirmar que su semilla fue 'usada' en su creación, aunque el Lexicanum dice que comenzaron como clones. Pero los clones bajo la influencia de la ciencia y la tradición basada en Warp probablemente resultarían en mutaciones significativas (evidenciadas además por algunos de los rasgos de los primarcas como las alas de los ángeles en Sanguinius y similares).

Hay esta historia en el libro Tales of Heresy de Horus Heresy , The Last Church de Graham McNeill, donde el Emperador va y quiere ver la última iglesia. Algunas citas:

El Emperador entra en la iglesia con la apariencia de un hombre normal:

Una figura encapuchada se recortaba en la puerta del nártex, alta y envuelta en una larga capa escarlata.

...

—No —dijo el hombre, tirando hacia atrás de su capucha para revelar un rostro severo, pero no desagradable, un rostro notablemente anodino que parecía estar en desacuerdo con su porte marcial.

...

La silla crujió bajo el peso de su invitado...

...

Ahora que Revelación se había sentado, se había quitado la capa escarlata y la había colocado sobre el respaldo de su silla. Su invitado vestía ropa utilitaria, idéntica a la que usaban prácticamente todos los habitantes de Terra.

El sacerdote describe una visión que tuvo:

'El poder de lo divino'. dijo Urías. 'Miré hacia arriba y vi un rostro dorado sobre mí, un rostro de tal resplandor y perfección que mis lágrimas ya no se derramaron por el dolor, sino por la belleza.

El Emperador luego se revela a sí mismo:

Una luz dorada se construyó detrás de Uriah y vio su sombra proyectada sobre la superficie grabada del altar. Las manecillas perladas del reloj brillaron con la luz reflejada y la esfera de ébano brilló.
Donde una vez la iglesia había sido sombría y llena de sombras, ahora era un lugar de luz.
Uriah se puso de pie y se volvió para ver una figura maravillosa de pie ante él, imponente y magnífica, vestida con una armadura dorada hecha con amor y la mayor habilidad, cada placa grabada con rayos y águilas.
Desapareció Revelation, y en su lugar se encontraba un imponente guerrero de exquisito esplendor, un ejemplo de todo lo que era majestuoso e inspirador en la humanidad. La armadura abultaba su forma más allá de toda medida y Uriah sintió que las lágrimas brotaban de sus ojos cuando se dio cuenta de que había visto este rostro impresionante y dolorosamente perfecto una vez antes.

Entonces, el emperador parecía ser un hombre normal, con ropa normal frente a alguien que lo adora pero no lo reconoce solo para convertirse en un emperador dios completamente blindado (con un tamaño imponente).

El emperador del hombre es una entidad muy parecida a los dioses del caos. Su poder proviene de la razón, el conocimiento, la previsión, la comprensión de las cosas de este tipo. Él "existió" entre la humanidad en las edades tempranas ganando poder e influenciando a la humanidad para que prosperara y creciera. Influyó en la humanidad de manera muy similar a los dioses del caos en las sombras, hasta que la suma total de su poder fue que podía manifestarse en el reino físico. Él es el otro lado de la ficha de los "dioses" del caos. Creo que por eso no quería ser adorado como un dios viviente. Este nivel de adoración fanática de un "dios" conduciría a su eventual caída debido a que su poder dentro de la disformidad/universo disminuiría.

No creo que haya mucho de nada que respalde esto. Estoy dando algunos pasos agigantados aquí.