Estoy buscando tutoriales y software que puedan ayudarme a estudiar los datos de la secuencia del genoma completo y las asociaciones de todo el genoma. Tengo Matlab y Bioconductor R, por lo que sería preferible cualquier cosa que involucre esos paquetes.
Has elegido un organismo fascinante y muy importante para estudiar. Desafortunadamente, hay muchos pasos con muchos paquetes de software que necesitará y cada paso siguiente dependerá de lo que encuentre, lo que hace que cualquier tutorial en particular sea casi inútil. Lamento decir que no creo que nadie descarte una propuesta de proyecto o flujo de trabajo completo como respuesta. Te daré una respuesta para que comiences tu investigación.
Ejemplo
Un excelente ejemplo de tal estudio es Fellay et al. , 2007 y puede encontrar su suplemento de materiales y métodos aquí .
Una introducción a este tipo de investigación.
Primero necesitas encontrar las secuencias de proteínas que crees que son significativas. Hay muchas maneras de hacer esto, pero sugiero subirse a hombros de gigantes y buscar en la literatura (independientemente, encuentre un ejemplo donde esto se haya hecho en otro lugar). Si no hay mucho por ahí o para un punto de vista completamente nuevo sobre algo, esta respuesta podría ayudar a encontrar proteínas en la secuencia de ADN.
Las alineaciones de secuencias con otras cepas son su mejor apuesta para identificar mutaciones (y posiblemente un indicador de resistencia, que es lo que supongo que está buscando). Hay mucho para elegir, pero BLAST es una buena herramienta para empezar. Debe comparar su cepa resistente con cepas no resistentes. Tenga mucho cuidado al analizar los datos, no todas las mutaciones serán significativas.
Jaime