¿Cómo fluye la corriente a través de este circuito Arduino?

Para saber cómo se conectan las cosas en el propio Arduino, debe echar un vistazo al esquema. Este es el Arduino Uno. En la parte inferior derecha puede ver cómo las E/S de la placa están conectadas al microcontrolador:

Así que siguiendo la línea desde el pin 13 vas al PB5 del microcontrolador. Eso significa el bit 5 del puerto B. Si configura ese pin en salida y lo pone alto, está suministrando 5 V al circuito LED. La resistencia en serie limitará la corriente a aproximadamente 5 mA, que es un valor correcto para el microcontrolador.

Entonces, dado que los 5 V provienen del pin de E / S de Arduino, no se necesita el cable de 5 V en la placa de pruebas.

Tiene razón, el cable de 5V no está conectado al circuito.

Probablemente se dejó allí solo porque otros experimentos para esa serie de tutoriales lo requieren, pero no es necesario para que este circuito funcione.

En general, el esquema que proporcionó utiliza esencialmente un tipo de esquema de "diagrama de bloques", en el que las cosas se abstraen para facilitar la implementación. En este caso, el Arduino se representa como un bloque y se supone que todas sus funciones funcionan según lo documentado.

El Arduino es una placa de desarrollo basada en un microprocesador Atmel AVR. En general, un microprocesador no está "conectado" internamente de una manera, está diseñado para manejar muchas tareas diferentes. Para implementar tantas cosas diferentes, el "cableado" interno cambia constantemente dentro de la MCU según la tarea que esté procesando actualmente (¡gracias, transistores!).

Compare esto con las implementaciones de lógica de hardware (FPGA), donde se "programan" una vez para implementar una función específica, y luego el "cableado" interno permanece constante.

Digo "cableado" entre comillas porque incluso los diagramas de nivel lógico (compuertas AND y OR, etc.) todavía se abstraen de lo que reside físicamente dentro del procesador. Las puertas lógicas se pueden hacer con diferentes diseños de circuitos de transistores.

La razón de toda la abstracción es que sería completamente estúpido (y mucho más allá de lo imposible, no puedo describirlo con palabras) tratar con el bajo nivel. Entonces, una vez que se diseña y abstrae el nivel más bajo, se puede usar el siguiente nivel con la certeza de que hará lo que se le dice. Repita el ciclo y pasaremos de los transistores y las puertas lógicas hasta la programación de alto nivel y las interfaces gráficas.

Estoy dando vueltas a tu pregunta, principalmente porque no podría decirte cómo fluye la corriente a través del Arduino. Para un razonamiento más sólido de por qué, consulte Circuitos integrados, VLSI (Integración a muy gran escala) y temas relacionados que seguramente aparecerán en su búsqueda.