Cambie dinámicamente la frecuencia PWM con interrupción con STM32

Estoy usando un STM32F4 para controlar un motor paso a paso.

No estoy seguro si necesito el modo PWM, el modo OC o el modo OnePulse. Puedo generar una onda PWM de frecuencia fija pero como necesito una aceleración/desaceleración particular, necesito variar la frecuencia de la onda con una rampa.

Algo así como: un pulso a 745 Hz; un pulso a 1867 Hz; un pulso a 2459 Hz; un pulso en ...; un pulso en ...; N pulsos a ... (velocidad constante)

En este momento, en la devolución de llamada HAL_TIM_PWM_PulseFinishedCallback, estoy emitiendo valores nuevos TIMx->ARRy TIMx->CCR1basados ​​en una lógica dada.

Aquí está mi código:

void MX_TIM9_Init(void)
{
TIM_OC_InitTypeDef sConfigOC;

htim9.Instance = TIM9;
htim9.Init.Prescaler = PSC; // Get clock to <freq> Hz
htim9.Init.CounterMode = TIM_COUNTERMODE_UP;
htim9.Init.Period = 1582; // useless since it is varying
htim9.Init.ClockDivision = TIM_CLOCKDIVISION_DIV1;
HAL_TIM_Base_Init(&htim9);
HAL_TIM_PWM_Init(&htim9);

sConfigOC.OCMode = TIM_OCMODE_PWM2;
sConfigOC.Pulse = htim9.Init.Period / 2; //useless but always 50% of CCR1
sConfigOC.OCPolarity = TIM_OCPOLARITY_HIGH;
sConfigOC.OCFastMode = TIM_OCFAST_ENABLE;
HAL_TIM_PWM_ConfigChannel(&htim9, &sConfigOC, TIM_CHANNEL_1);

}

void HAL_TIM_PWM_PulseFinishedCallback(TIM_HandleTypeDef* htim){
if (htim->Instance == TIM9){
    // logic
    TIM9->ARR = v;
    TIM9->CCR1 = v/2;
}
}

int main(void) {
//other
MX_TIM9_Init();

//logic and if needed
HAL_TIM_PWM_Start_IT(&m->htim, TIM_CHANNEL_1);
}

Lo que estoy notando es que el tren de ondas no tiene una forma perfecta, como si el evento de actualización que actualiza el registro de sombra ocurriera esporádicamente. Si estoy esperando un pulso con 500 Hz y un segundo de 700 Hz, eso no sucede. Claramente, una onda de frecuencia constante a 500 Hz y 700 Hz se genera correctamente. Traté de SET-RESET una salida para verificar en qué punto se llama a la interrupción.

Cuando falla, parece que se llama a una interrupción cuando el PWM todavía está "alto".

¿Es el PWM la forma correcta de hacerlo o debo usar el modo OC o OnePulse?