Aplicación de la programación de restricciones a la alineación/análisis de secuencias

Mi programa de maestría se centra en métodos formales como la resolución de SAT y la programación de restricciones. Estoy interesado en aplicar tales técnicas a problemas de alineación de secuencias y análisis de secuencias, áreas que han sido dominadas por métodos estadísticos.

Entonces, ¿puede darme ejemplos de algunos problemas de investigación adecuados para ser abordados como problemas de satisfacción de restricciones?

Nota: Por programación de restricciones, también incluyo paradigmas más flexibles como la programación de restricciones ponderadas , donde una solución puede violar algunas de las restricciones.

¿Te refieres a la optimización? En cualquier caso, supongo que tienes que exponer claramente tu problema y lo que quieres hacer. Además, esta pregunta no es realmente adecuada para este foro. Puedes preguntar esto en CS-SE.
Me refiero a un problema que se puede modelar especificando un conjunto de restricciones y especificando las relaciones entre estas restricciones. La optimización es un caso especial y está más relacionada con el problema de las restricciones ponderadas (entonces estamos optimizando para un peso mínimo de violación)
En cuanto a preguntar esto en CS-SE: no estoy de acuerdo, mi pregunta no es sobre la programación de restricciones. Se trata de qué problemas en bioinformática (en particular, la alineación de secuencias) pueden abordarse como un problema de restricciones. Las personas que mejor sabrían esto son las personas que trabajan en biología.

Respuestas (1)

Primero lea cómo la alineación local y global difieren entre sí. Entonces decide una función objetivo, es decir, ¿cómo medir la similitud entre dos sucesiones? ¿Quizás usar la distancia de Hamming? ¿O la distancia de Levenshtein? Después de esto, la parte de optimización probablemente salga de forma bastante natural.

Asegúrese de comprobar los softwares existentes. Las cosas fáciles ya se han probado. (Y por cierto, por alguna razón los biólogos llaman a los n-gramas como k-mers ).

Bueno, estoy en medio de un proyecto sobre el uso de HMM para la alineación y he leído los conceptos básicos. Pero los problemas sobre los que he leído (alinear dos secuencias para el análisis funcional y permitir la inserción/eliminación de nucleótidos) no parecen ser adecuados para el modelado con restricciones. Así que pregunto para ver si hay otros problemas que podrían ser más adecuados para eso.
Lo más cercano que he visto que puede ser adecuado para el enfoque de restricciones es el uso de la gramática transformacional para dependencias de larga distancia. Pero incluso allí, no estoy muy seguro de que se pueda enmarcar como CSP.
Intenta leer este artículo: plosone.org/article/… ¿Alguna ayuda?
Gracias, tal vez. Uno tendrá que mirar los sistemas/herramientas mencionados en el artículo para ver si hay alguno que esté basado en restricciones (en lugar de estadísticas) o al menos incorpore restricciones de alguna manera. Si es así, sería un buen candidato para proyecto de programación de restricciones.
Aplicación de la programación de restricciones a la alineación/análisis de secuencias
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