Abrir la aplicación en un escritorio diferente

De los comentarios, ya que esto parece funcionar para el OP, aunque no pude hacerlo funcionar yo mismo, en El Capitán.

De Evite que las aplicaciones roben el foco al abrir en OS X - por Topher Kessler [al menos tiene un buen pedigrí, pero es de 2011]

Para tener un programa siempre abierto en segundo plano, deberá editar una lista de propiedades en el paquete del programa y agregar un par de líneas al archivo. Para hacer esto, siga estas instrucciones:

1. Localice el archivo del paquete de la aplicación para el programa en cuestión.

2. Haz clic con el botón derecho y selecciona "Mostrar contenido del paquete".

3. Navegue hasta el directorio "Contenido" dentro de la aplicación y abra el archivo "Info.plist" en un editor de texto.

4. Agregue las siguientes líneas al archivo (la ubicación más fácil es colocarlas inmediatamente después de la <dict>etiqueta, antes de la primera <key>etiqueta en la parte superior del documento):

   <key>LSBackgroundOnly</key>
   <string>True</string>
   

5. Guarde y cierre el archivo y cierre las ventanas del paquete de la aplicación.

Después de hacer esto, el programa ahora debería iniciarse detrás de otros en todo momento, y luego solo se traerá al frente si hace clic en una ventana para el programa. Como advertencia, la edición del contenido de las aplicaciones romperá su firma de código, que es necesaria para que algunas aplicaciones funcionen automáticamente con los servicios del sistema, como el firewall de la aplicación. Sin una firma de código intacta, el sistema siempre puede pedirle que permita aplicaciones a través del firewall cuando se inician, lo que puede ser un inconveniente. Además, es posible que esto no funcione para todas las aplicaciones, pero no puede eliminar fácilmente las líneas agregadas para restaurar la funcionalidad completa del programa.

La segunda opción para afectar un programa de inicio es desarrollar un script que lo inicie en segundo plano. Lo básico para este script es usar el comando de terminal "abrir", con el indicador "-g" de la siguiente manera (usando iCal como ejemplo):

open -g /Applications/iCal.app

Como alternativa a proporcionar el nombre completo de la ruta a la aplicación, también puede usar el indicador "-a" y luego proporcionar solo el nombre de la aplicación, como el siguiente:

open -ga iCal

Con estos comandos, puede configurar un iniciador para sus programas usando AppleScript o Automator, donde el script ejecuta este comando como un script de shell para apuntar a la aplicación de su elección. Por ejemplo, para crear una secuencia de comandos que siempre iniciará iCal en segundo plano, abra Automator y cree un nuevo flujo de trabajo de la aplicación. Luego agregue la acción "ejecutar secuencia de comandos de shell" al flujo de trabajo y pegue uno de los comandos anteriores en el campo de secuencia de comandos de la acción. Luego guarde el flujo de trabajo y cuando lo ejecute, iCal debería abrirse detrás de su aplicación actual.

Una advertencia parece ser que la aplicación no se puede cerrar correctamente, es decir, su proceso aún está presente después de cerrarla.

Lo he intentado en Yosemite pero no en Sierra, pero podrías intentar deshabilitar el cambio automático de escritorio.

Abra la terminal e ingrese:

defaults write com.apple.dock workspaces-auto-swoosh -bool NO

reinicie el muelle con

killall Dock

Para volver al tipo de configuración predeterminada

defaults write com.apple.dock workspaces-auto-swoosh -bool YES
killall Dock

Obtengo el rendimiento que desea utilizando la opción 'ninguno' al asignar una aplicación a un escritorio. Pero si la aplicación está abierta en otro escritorio, será redirigido a ese escritorio si intenta abrir otra instancia de la aplicación. No conozco una solución para esto. Solo asegúrese de no abrir la aplicación en un escritorio que no sea el que desea. Si hay una solución para esto, tal vez otro respondedor lo sepa.