PDFSam Basic parece cumplir con sus requisitos

• Gratis y de código abierto
• Puede rotar, cortar, fusionar, guardar

Está disponible para Windows y Mac OS X.

PDFSam también tiene una versión paga mejorada con más funciones.

También hay algunas críticas que hablan positivamente al respecto.

En alerta de soporte técnico :

Vale la pena probar PDFsam (PDF Split and Merge) si necesita reordenar o recomponer visualmente varias páginas de archivos PDF.

Puede mezclar, fusionar o extraer, dividir y rotar páginas especificando los números de página. Sin embargo, PDFsam también le permite reorganizar páginas PDF en una vista en miniatura. En este modo, puede trabajar fácilmente con miniaturas para fusionar, eliminar, rotar o reordenar páginas PDF y guardar los resultados como otro archivo PDF.

Dado que PDFsam es una aplicación Java, se ejecutará en cualquier sistema operativo compatible con Java. La versión básica de PDFsam es de uso gratuito. El instalador se incluye con un programa de publicidad OpenCandy, pero puede obtener desde aquí un archivo zip independiente sin dicho paquete.

Nota: no estoy afiliado a PDFSam. Lo recomiendo como usuario.

Definitivamente debes probar PDFill Free PDF Tools

funciones para fusionar, dividir, reordenar, eliminar, cifrar, descifrar, rotar, recortar y reformatear páginas PDF, agregar información, encabezado, pie de página y marca de agua, convertir imágenes a PDF, PDF a imágenes o PostScript a PDF, eliminar, aplanar y enumere campos de formulario, para escanear a pdf, para crear una imagen transparente y más.

¡Sin marcas de agua! ¡Sin anuncios emergentes! ¡GRATIS para uso personal o comercial! ¡Distribución GRATIS!

Puedo decir que mejoró mi vida... ¡Me encanta!

Sí, al menos tres me vienen a la mente (copiado en parte de mi propia respuesta en https://softwarerecs.stackexchange.com/a/31158/22778 ):

pdftk

Esa es la herramienta que uso para archivos PDF más grandes y operaciones masivas. Es excelente para dividir, concatenar y rotar archivos PDF. Uso krop (ver más abajo) para recortar.

https://www.pdflabs.com/tools/pdftk-the-pdf-toolkit/

Instalar con apt-get en Linux:

sudo apt-get install pdftk

También está disponible para Windows (gracias a @MrWhite).

pdfcrop

Revisé pdfcrop: http://manpages.ubuntu.com/manpages/gutsy/man1/pdfcrop.1.html

Se describe con más detalles aquí: https://askubuntu.com/questions/124692/command-line-tool-to-crop-pdf-files

cultivo

krop es lo que me encanta usar: http://arminstraub.com/software/krop

Uso la GUI, pero también se puede ejecutar a través de CLI; tal vez eso es lo que está buscando:

:~$ krop -h
usage: krop [-h] [-v] [-o OUTPUT] [--rotate {0,90,180,270}]
            [--whichpages WHICHPAGES] [--initialpage INITIALPAGE] [--autotrim]
            [--selections {all,evenodd,individual}] [--no-kde] [--no-PyPDF2]
            [file]

krop: A tool to crop PDF files

Copyright (C) 2010-2015 Armin Straub, http://arminstraub.com

positional arguments:
  file                  PDF file to open

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        where to save the cropped PDF
  --rotate {0,90,180,270}
                        how much to rotate the cropped pdf clockwise (default: 0)
  --whichpages WHICHPAGES
                        which pages (e.g. "1-5" or "1,3-") to include in cropped PDF (default: all)
  --initialpage INITIALPAGE
                        which page to open initially (default: 1)                                                                                                                                         
  --autotrim            create a selection for the entire initial page minus blank margins                                                                                                                
  --selections {all,evenodd,individual}                                                                                                                                                                   
                        to which pages should selections apply                                                                                                                                            
  --no-kde              do not use KDE libraries (default: use if available)                                                                                                                              
  --no-PyPDF2           do not use PyPDF2 instead of pyPdf (default: use PyPDF2 if available)  

No estoy seguro de lo que quiere decir con "cortar" en este contexto.

Uso la versión gratuita de PDF-XChange Viewer ( sitio PDFX ) que tiene versiones instaladas y portátiles. Es gratis en una versión ligeramente limitada. Las funciones PRO se muestran claramente en el sistema de menús etiquetado como PRO. La página vinculada indica que ha sido reemplazada por PDF-XChange Editor, que parece tener también una versión gratuita y de pago. Ambos son compatibles con Windows XP y versiones posteriores.

PDFX es mi aplicación preferida para marcar archivos PDF, también hace OCR.